在杂交制种前，必须对父母本进行彻底检查，除随时注意外，还应在缓苗后或杂交开始前进行2次集中检查。此项工作应由专人进行，以防漏误，发现少数有疑问的植株，如蔓性、叶形、叶色、花形、花色、幼瓜瓜形和瓜色不同者应全部拔除。在尚不能断定是否为杂株的情况下，也可先做标记，最后决定取舍。这项工作十分重要，必须认真做好。
4.裸仁南瓜制种方法
裸仁南瓜是雌雄同株异花植株，在配制杂种一代时，只需在隔离区内，开花前摘除母本系统的雄花，即可依靠蜜蜂等昆虫传粉，并进行人工授粉。所以操作简单易行，而且每给1朵花授粉，即可获得300粒左右的杂种种子。
具体作法是：
在开花前应每隔1天去1次母本植株上的雄花花蕾，而父本植株可任其生长，以便有充足的雄花。矮生种和半蔓生种裸仁南瓜，每1母株上通常留2～3个雌花，每1母株上可结1～2个瓜作种瓜;而蔓生种裸仁南瓜，每1母株上可选2～3个瓜作种瓜，每个瓜分布的节位要保持均匀，植株上其它的嫩瓜可做商品瓜处理。
5.人工控制自交和杂交的方法
因为裸仁南瓜是雌雄异花作物，在自然条件下，靠昆虫传粉结子，所以按自交纯化和在试配杂交组合时，需要人工控制授粉。
(1)人工控制自交的方法
选择具有本品种特性的优良单株，在授粉前一天下午，在同一株上，选择第2天能开花的雌雄花花蕾，用头发卡子或长形薄铝片等将花冠夹住或用线把花蕾前端扎上，使昆虫进不去，又不会伤害雌雄蕊。
在第2天早上5点钟左右开始授粉，将前一天扎的雄花采下，除去花冠，露出雄蕊花药，再解去雌花上扎的线或发卡，露出雌蕊柱头，用雄蕊直接向柱头上涂抹花粉，然后再把雌花扎上即可。授粉后要挂牌做标记。