百合枯萎病又称基腐病，属真菌性病害，一般在开花后遇雨量充沛的年份发病严重。水浇地比旱地发病严重，连作、受地下害虫、根结线虫危害造成的伤口多发病重，3年生百合田分别比2年生、1年生百合田发病严重。一般当年生百合田不发病或轻微发病，同一地块的百合植株生长势弱的易发病，植株易枯死。枯萎病菌感染百合地下部后，经常在花苞形成阶段，地上部才会表现症状。因此，田间病害诊断时机为花苞形成前后，注意植株下部叶片是否有不正常黄化及落叶现象，若有此现象时，将土壤轻轻拨开，检查茎基部及茎根，若有褐化腐烂现象，则可能被枯萎病菌感染。
发病症状
染病株初期表现生长缓慢，下部叶片发黄，失去光泽，且症状逐渐扩展，最后全株叶片萎蔫下垂，变褐后枯死。或雨后天晴，百合植株一侧的叶片从下向上，发生水渍状，凋萎下垂，经日光暴晒后，即呈干枯状态。此外，其病菌还可侵染球茎外皮基部，基盘上出现褐色坏死或腐烂，造成鳞片散落。从病球茎长出的植株叶片发黄或变紫，花茎少且小，球茎没有全部烂掉时就裂开，引起球茎腐烂后枯死。
防治方法
1.农业防治选择排水良好、不重茬地块种植百合。施用腐熟的有机肥，抑制土壤中有害微生物的生长。选用无病、无伤的球茎做繁殖材料。加强田间管理，雨后及时中耕松土。土壤淹水两个月及曝晒后，再进行种植，可有效防治枯萎病。及时拔除病株。
2.土壤处理松土后，用60℃~80℃蒸汽处理土壤20~30分钟，或用土壤熏蒸剂处理，如溴甲烷熏蒸处理，达到土壤消毒的目的。土壤熏蒸处理种植前必须注意土壤熏蒸剂是否完全挥发，否则容易造成药害，使种球褐化腐烂而无法生长。
3.种球消毒若种球带菌时，种植之前进行种球消毒。较为有效的药剂有40％五氯硝基苯可湿性粉剂1500倍液。发病时也可用上述药剂灌根。也可用40％甲醛120倍液浸种3.5小时，防效明显。
4.叶面施肥在南方百合主产区，若遇持续高温天气，对百合生长不利，其枯萎病发生尤为严重，还可采取喷灌或喷雾的措施来降温，结合喷施叶面肥，如施用叶面宝时再加入0.3％磷酸二氢钾和0.1％硫酸亚铁溶液等，每隔5天喷1次，连续喷4~5次，效果良好。
5.药剂喷雾用40％多菌灵胶悬浮剂300倍液或36％甲基硫菌灵悬浮剂500倍液、58％甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液、75％百菌清可湿性粉剂600倍液、50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、60％多菌灵盐酸盐水溶性粉剂800~1000倍液、10％混合氨基酸铜300倍液、25.9％抗枯灵500倍液、10％多抗霉素水剂500倍液、70％敌磺钠可湿性粉剂800倍液等喷洒百合茎叶。
6.开沟灌根可选用36％甲基硫菌灵悬浮剂500倍液或50％甲基硫菌灵·硫黄悬浮剂800倍液、50％苯菌灵可湿性粉剂1000倍液、12.5％增效多菌灵浓可溶剂300倍液、50％氯溴异氰脲酸水溶性粉剂1000倍液。均可收到良好的防治效果。