主要在于叶片不同、果实不同、用途不同和枝条不同等。柠檬树主干有大量刺，叶片较为狭小且有锯齿，果肉极酸，橙子木刺比较稀疏，叶片长椭圆形或卵形无锯齿，果肉酸甜且叶柄有短毛。
柠檬树和橙子树的区别
1、叶片不同
柠檬树和橙子树的叶片在形态上就有着比较明显的差距和不同之处，柠檬树的叶片呈现出长椭圆形，叶片的边缘有锯齿状的东西，且叶片很小，而橙子的叶片则不同，一般有2-3厘米长，且整体呈倒卵状，边缘没有锯齿。
2、果实不同
柠檬树和橙子树在最本质上的不同就是果实的不同，这也是决定了他们的名字的因素，柠檬树的果实叫做柠檬，外皮金黄色或淡金色，果肉极酸但浓香，而橙子树的果实叫做橙子，外皮黄色或金黄色，果肉酸甜可口。
3、枝条不同
橙子树和柠檬树在枝条上的差别也是比较明显的，柠檬树的枝条上有着大量的短刺，但是主要集中在其主要的枝干上，分支上的木刺比较少，而橙子树的主干和分支上都存在着一定量的木刺，且木刺整体比较修长，但较为稀疏。
4、用途不同
橙子树和柠檬树虽然都是比较常见的水果的出产母株，但是这两种植物所出产的水果的用途也有着一定的区别。橙子更多是作为鲜食类的水果，就像橘子和苹果，而柠檬更多作为调味型水果，也被用作烹饪和榨取精油。