柠檬树体通过合理修剪，可达到增强树冠的通风透光，提高光合作用效能，防止树冠郁闭；调节树体的营养分配，减少非生产养分消耗，促进柠檬优质丰产。不同时期柠檬树体的修剪，在我区一年四季都可以修剪，但修剪的重点不同。分为春夏秋冬季修剪。
1、春季修剪。在2-4月进行，我区柠檬开花期是1-3月，到4月中旬完成第二次生理落果。期间柠檬现蕾、开花、形成幼果、萌发新梢，这时要疏除新发的并生枝还有不开花的枝条，徒长枝或无叶花枝，降低养分消耗，达到保果目的。
2、夏季修剪。在5-7月进行，此时我区柠檬生长旺盛，是果实生长发育的关键时期，抹除徒长枝，改善通风透光条件。
3、秋季修剪。在我区8月初即可采果，10月中旬，柠檬春花果实采收完成。此时，选择在柠檬采果后进行秋修剪，要求疏除过密枝和回缩部分大枝，主要修剪任务是培养干枝。
4、冬季修剪。在11月至来年1月进行，冬季修剪主要疏剪过密交叉枝、病虫枝。