首先，杂草根系一般都比较庞大，须根系多，生长快，吸水吸肥能力很强，势必会与作物争夺土壤中的养分，可能就会造成作物生长中后期营养吸收不足而早衰。其次，杂草非常容易滋生害虫，成为害虫优良的栖息场所，从而对作物造成威胁。再次，杂草多是病毒病的中间寄主，一旦有昆虫，特别是刺吸式口器的昆虫进入拱棚，势必会造成病毒的传播。这也是病毒病发生严重的原因之一。另外，杂草生长迅速，会造成田间郁闭，不利于通风。
所以，及时清除这些杂草是保证作物生长的重要条件。清除杂草的方法很多，比如人工拔除，此法虽然费时费力但是可以面面俱到。再就是中耕划锄，此法在清除杂草的同时还可疏松土壤，增加土壤的透气性，利于作物根系的生长。最省力的方法是喷洒除草剂除草，注意在地面比较湿润的情况下喷施效果比较好。