病菌主要以菌核在土壤中越冬，也能以菌丝体在病残体上或在田间杂草等其它寄主上越冬。长期深灌，偏施、迟施氮肥，水稻郁闭,徒长促进纹枯病发生和蔓延。防治方法：
1、打涝菌核，减少菌源。要每季大面积打涝并带出田外深埋。
2、加强栽培管理，施足基肥，早施追肥，不可偏施氮肥，增施磷钾肥。采用配方施肥技术，使水稻前期不披叶，中期不徒长，后期不贪青。灌水做到浅水分蘖、够苗露田。晒田促根、肥田重晒、瘦田轻晒、湿润长穗，不提前断水、防止早衰，要掌握“前浅、中晒、后湿润”的原则。
3、药剂防治：2.5%井冈霉素100ml。用法：对水50公斤喷雾或对水400公斤泼浇。