木耳受潮后，极易导致虫害。因此，进库前必须干燥处理，使木耳含水量不超过12%，再装入塑料袋或铝罐中，密封后，置于衬有防潮纸的木箱或纸箱内。箱内可放入干燥剂（干木屑或生石灰等）。每隔10至15天检查1次，若干燥剂已吸湿，应取出晒干或烘干后，再放入箱内，若木耳回潮，应及时取出干制。
