1、间苗定苗。1～2片真叶时间苗，4～5片真叶时定苗。条播的株距为20cm左右，撒播的株距8～10cm。
2、温度管理。出苗后温度白天保持在25～26℃，夜间保持在16～17℃。子叶展平后，白天温度保持在28～30℃，夜间保持在18～20℃。在采收前5～7天降低温度，白天温度保持在24～25℃，夜间温度保持在14～15℃。降温的目的是使木耳菜生长健壮，增加叶片厚度和颜色。
3、中耕及肥水管理。一般在缓苗后，上架时及每次采收后，都应进行中耕除草，并适当向植株基部培土。在施足基肥的基础上，生长期间还要多次追施速效氮肥，一般在定苗后每667m2追施尿素15kg，磷钾复合肥5～8kg，以后每采摘一次即应追肥，每次每667m2追施尿素15kg。落葵喜湿润，应小水勤灌，以保持土壤经常处于湿润为宜，一般是每采摘一次结合追肥灌1次水，遇旱时应增加灌水次数。
4、植株调整。以采收嫩梢为主的，植株的调整方法是：当苗高30cm时，留3～4片叶采嫩梢，选留2个强壮侧芽，其余抹去，第2次采收后，再留2～4个强壮侧芽；在生长旺期可选留5～8个强壮侧芽；中后期应随时抹去花蕾；到收割末期，植株生长势减弱，选留1～2个强壮侧芽，这种管理有利于叶片肥大，梢肥茎壮，品质好，产量高。
5、病虫害防治。木耳菜的主要病害是褐斑病和灰霉病，可用代森锌或百菌清防治褐斑病；可用苯菌灵或农利灵防治灰霉病。