因地制宜选用抗病品种，实行无病毒种子栽培生产播种前用清水浸种3—4小时，用新高脂膜拌种能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。定植地要选用未种过番茄或未发生番茄病毒病的田块一定要进行深耕。深耕提高土壤的通气性，利于种子生长发育。
实行轮作换茬避免间套作和连作，减少和避免番茄病毒病土壤和残留物的传毒，减轻病毒病的发生；育苗地和栽植棚地应彻底清除带毒杂，减少病毒病的毒源；推广配方施肥技术。
防病措施。1.适期播种培育壮苗，苗龄适当，定植时要求带花蕾，但又不老化；2.在叶面喷施菜果壮蒂灵循环坐果率强，促进果实发育，无畸形、无空壳、无秕粒，整齐度好、品质提高、使菜果连连丰产。3.中耕锄草，及时培土，用根施通灌根促进发根，晚打杈，早采收。
防虫措施。番茄苗期应预防虫害的发生，施用植物细胞免疫因子提升植物抗逆性，可使病毒DNA断裂凋亡。强大免疫功能，诱生干扰素和活性细胞介素，抑制残余病毒复制，促进植物正能量生态生长。以寄主植物抗病机理及利用病菌毒性变异原理，控制植物生理性病害和侵染性病害繁衍。发病时应用针对性的药和新高脂膜混用提高杀虫力度，减轻番茄病毒病的发生危害。