番茄杂交种的生产是一项复杂的工作，在做好亲本播种、分苗、大田定植、去雄授粉等各个环节之后，采收环节也是很重要的，其间不能出现一点差错。否则，将会造成纯度和发芽率的降低，影响质量。
1采收前的田间清理
采收前要再次进行彻底检查，根据母本植株形态、果实形状和颜色等去杂。同时，清除自交果、标记不清果及落地、腐烂、发病果。经专业人员验收并发放田检合格证方可采收。
2摘果
要采收完全红熟的果，但也不可采收过晚。根据果型的不同，采摘时期也有所不同，大果型七八成红采收，小果型十成红采收。
果实采收要有专人负责，采摘时看清标记，最好连同果柄一起剪下。果实采摘后一般后熟1～2天，不可堆放时间过长。
3取籽与发酵
用手掰开或竹刀切开果实，将种子和果浆挤出放在缸或瓷盆中发酵20h左右。也可用不锈钢打浆机分离出种子和果浆。此项工作关系到种子色泽和发芽率，应着重抓好以下几点。
①发酵、晾晒过程中，不能使用金属容器，尤其是铁的，否则种子易发黑。
②发酵过程中不能淋入生水，最好在容器上盖一块塑料，还兼有夜间保温的作用。
③当天掰挤的种子要单独发酵，不能将几天掰挤的种子混合在一起发酵。
④发酵时间宁短勿长，时间太长会影响发芽率。发酵期间要经常用木棒搅动。掌握浆面有白色菌霉、种子周围胶质消失、种子无粘滑感且下沉为好。
⑤挤出的果浆发酵时，不能在晴天暴晒，可在阳光下晒1～2h，然后搬到阴凉处自然发酵。
4洗籽
发酵好的种子放在纱布或窗纱上过滤，然后用清水反复漂洗、搓揉，用纱布或头巾挤去水分，最好用洗衣机脱水，最后置于通风、阴凉处干燥。
①投洗种子时，漂在水面或半浮的种子应随水倒出，要将果肉、果胶、果皮漂洗干净。
②洗籽时应尽量在早上，最迟不过下午4∶00。这样洗出的种子当天就可干燥，且色泽鲜艳、成色好。洗籽时间不易太长，否则种子易发芽。
③洗籽后，种子应放在非金属窗纱上，置于通风、阴凉处晾干。注意不可在强光下暴晒，要经常翻动，防止结块，尤其阴雨天要使种子尽快干燥。切忌倒在水泥地上或铁筛上，以免影响发芽率。
④洗出种子后，若发现有发芽的种子，待种子稍过滤水分后，就应立即用镊子挑干净。否则，种子干燥后就不易挑出。
5整理
种子晾干后（抓一把捏紧，手松开后，种子自然散开为好）要进行过筛、精选和整理。最好进行人工挑选。