大葱发生根腐病主要原因是由于连续多年种植，土壤中病原菌增多，极易造成大葱根腐死棵。受连续阴雨天气影响，土壤湿度过大，透气性下降，影响根部正常呼吸，植物自身抗性下降。若此时培土，葱根埋得较深，会加剧了病害的发生，所以做好前期预防是关键。
大葱培土前，可随水冲施生物菌肥和植物电子肥，增加土壤有益菌，抑制病原菌侵染；或在沟内撒施土壤菌毒净(敌克松+恶霉灵)，然后进行培土。培土后，若发现病株，要及时扒开垄土，施入72%普力克800倍液+用护树大将军+根施通，三者配合灌根防治。在多雨天，要注意做好大田排水，避免积水沤根，诱发根腐病等。对于蝼蛄、葱蛆等害虫，可用辛硫磷颗粒+新高脂膜喷施进行来防治。在多年种植大葱的地块，应与其他作物轮作，避免病害发生。