代料栽培，是利用木屑、蔗渣、棉籽壳等农副产品来代替段木生产黑木耳。它的优点是节省木材，工艺简便，生产成本低，生长周期短，收益快。常用的有瓶栽、袋栽和菌砖栽培三种形式。其具体方法是：
（一）培养料配方
1.锯木屑培养料
锯木屑78％麦皮或米糠20％蔗糖1％石膏粉1％水（培养料中含水量）65％左右
2.甘蔗法培养料
碎蔗渣78％麦皮或米糠20％黄豆粉1％石膏粉1％水（培养料中含水量）65％左右
3.棉籽壳培养料
棉籽壳78％表皮或米糠20％蔗糖1％石膏粉1％水（培养料中含水量）65％左右
（二）制作方法
瓶栽和袋栽都是按常规方法将上述培养料配好后装入瓶子或塑料袋内，经高压灭菌或常压灭菌，取出，待培养料温度降至30℃左右时，以无菌操作接入菌种，便可移到栽培室进行培养。菌砖栽培，其菌丝培养与瓶裁方法相同，待菌丝长满全瓶后，挖出，压成苗砖培养。
（三）栽培管理
代料栽培是在室内进行，要创造良好的环境条件，以满足黑木耳在生长发育过程中对温度、湿度、光照、空气等的要求，从而取得高产、稳产和优质。
温度的控制菌丝长满后要进行10天左右的低温培养，即温度控制在20～22℃之间，以刺激子实体形成。当开始长出耳芽时，温度应掌握在22～24℃范围，使出耳快、整齐。粗壮、开片好、色深。高温高湿条件下易造成流耳。故出耳阶段温度应保持在25℃以下（22～24℃）。又湿度的调节培养料的含水量掌握在65％左右为好。