有机南瓜的贮藏三法：
一、堆藏：选择阴凉、通风、干燥的仓库，进行消毒。进仓时应严格检查质量，剔除有病虫害、有病疤和过嫩、倒瓤的瓜。在搬运、装卸过程中必须轻搬、轻装、轻运、轻卸，切勿抛滚碰撞。也可在仓库内用木、竹或角铁搭成分层贮藏架，铺上草包，将瓜堆放在架上，或用板条箱垫一层麦秆和草当作贮藏容器。
二、室内堆藏：地面要先铺一层草包或麦秆，力求摆瓜平整。摆瓜的方式一般要和田间生长时期的状态基本一致。摆放圆型南瓜时，将瓜蒂朝上平放，平行堆码5层高为宜。摆放长型有机南瓜时，将瓜蒂朝里，瓜顶向外一个一个地依次堆码成圆堆，每堆15－25个，高度以五六个瓜高为宜，并适当留出过道以便检查。贮藏期间不宜翻动，及时剔除病斑瓜。贮藏前期，外界气温较高，晚上要打开窗户通风换气，白天关闭门窗，室内空气要新鲜干燥，保持凉爽。外界气温较低时，特别是严寒的冬季，要关闭门窗防寒，保持0℃以上温度。
三、窖藏：入窖时将瓜堆放在铺垫的细沙、麦秆或稻草上，堆瓜二三层。也可将瓜摆在菜架上。如果能使窖温控制在7.2－10℃，可降低呼吸强度，减缓瓜内营养物质的损耗，延缓瓜的衰老过程，贮藏期可达3个月。