冬季，果树及果树的多数病虫害都处于冬眠状态，也是防治的有利时机。利用农闲，因地制宜，有目的地采取相应措施，加强果树病虫害的综合防治，能有效压低病虫害基数，减轻翌年危害及防治工作，为确保丰产夯实基础。果树休眠期防治病虫害具有生长季节所不具备的有利条件：一是正值农闲，便于组织人员，集中防治；二是可以有效减少环境污染，保护天敌；三是投入少、操作方便等可谓一举夺得，建议尽量采用。
1、保持果园清洁，清除枯枝落叶。枯枝落叶是许多病虫害的主要越冬部位之一，如苹果的圆斑病、褐斑病、灰斑病、轮纹病；梨黑星病、白粉病、灰斑病、炭疽病；桃穿孔病、褐斑病；葡萄霜霉病、白粉病、炭疽病、疫霉病等病菌都在被害叶片或枯枝上越冬。害虫如金纹细蛾、黄斑卷叶蛾、黄褐天幕毛虫等以蛹或虫茧潜伏于叶或枝梢上越冬。因此，在果树落叶结束后，彻底清扫枯枝落叶，掩埋或直接沤肥消灭越冬病虫，大大减少翌年病虫基数。
2、刮除翘皮粗皮，剪除病虫枝条。有许多病虫在老树皮缝及翘皮、粗皮下越冬，如山楂红蜘蛛、苹果小卷叶蛾、梨小食心虫、梨星毛虫、金毛虫等；轮纹病菌在被害枝干形成粗皮、病瘤，并在其上越冬。冬季修剪是果树管理的一项重要技术措施，也是休眠期消灭越冬病虫的有效方法。合理修剪，可以调节树木负荷，改善果园通风透光条件，促进植株健康生长，提高抗病虫的能力。果树休眠期做好人工刮除粗皮、翘皮的同时，结合修剪，集中烧毁处理或深埋，对减少来年的侵染源有很好的作用。
3、深刨树盘土壤，绑缚塑料薄膜。树冠下的土壤中潜伏着许多越冬的病虫，在土壤上冻前，深刨树盘，可直接杀伤一部分在土壤中越冬的害虫，同时通过翻动土壤，可将一部分害虫暴露土表。被冻死或被鸟啄食。防治个别害虫，如枣尺蠖，可在3月初成虫羽化前，在树干上绑12-15厘米宽塑料膜带，阻止枣尺蠖雌成虫(无翅)上树产卵。
4、及时、彻底刮除腐烂病病斑。休眠期是苹果树腐烂病的发病盛期，即使在气温最低的1月份，病斑也在不停地扩展。坚持“刮早、刮小、刮了”的原则，及时、彻底地刮除腐烂病病斑是冬季果园病虫害防治的一项重要工作。一定要把病部的坏组织及相连的5毫米左右的健皮组织仔细刮净，深达木质部，边缘切成立碴、梭形，这样有利于病斑的愈合，至春季2-3月份，应认真全面检查1次。刮过的病斑应及时涂药消毒，对于以前刮治好的老病斑，要再涂1次，以防复发，涂抹药剂可用5%菌毒清100倍液，或843康复剂原液，或农抗120的10倍稀释液，或腐必清5倍液，或40%福美胂加渗透剂平平加等量混合，或石硫合剂波美10度和平平加混合等，7-10天后应进行第二次涂药，以巩固防治效果。
5、保护伤口，封闭锯剪口。冬季果树修剪后留在树上的伤口，是果树腐烂病、银叶病等病菌的侵入途径，同时也是一些害虫的越冬场所，可用清漆或桐油加入适量的猪油调和，涂抹在伤口上进行保护；早春也可用80%敌敌畏、40%水胺硫磷封闭锯剪口，消灭其内越冬的害虫。
6、进行树干涂白，喷布铲除剂。树干涂白可以起到防止日灼和冻害的作用，同时能消灭部分在树干上越冬的病虫，可用生石灰12份、食盐2份、大豆粉0.5份、水36份，混合后涂抹；并在3月份果树发芽前，采用3-5度石硫合剂或0.3%五氯酚钠或40%福美砷100倍液喷施，对果树腐烂病、梨星病、黑星病，梨轮纹病、干枯病等均有很好的预防作用，可铲除上年在落皮上侵染尚未深入扩展的病菌。