玉米是畜禽日粮的主要原料，长期饲喂含有霉变玉米的日粮，不仅会危害动物，且残留在动物体中的有害物质也将会给人类健康带来隐患。玉米霉变后会被霉菌代谢产物——霉菌毒素所污染。
稀释少量轻度霉变玉米分多次逐步掺入正常玉米中使用。
水洗霉变玉米粉碎，加入3~4倍的水，进行搅拌静置浸泡，每日搅拌换水2次，直至浸泡的水由茶色变成无色为止，洗后尽快使用。
脱胚去毒霉变玉米的毒素主要集中分布在玉米的胚芽部分。先将玉米磨成1.5~4.5毫米的小颗粒，加入5~6倍清水，然后进行搅拌，胚芽部分碎片因密度较轻而浮在水面上，将其捞出或随水倒掉，如此反复数次，即可达到脱胚去毒的目的。
物理吸附使用能够吸附并捕获霉菌毒素分子的矿物质——硅酸铝盐、沸石、膨润土、活性炭、硅藻土等，或是牛血清白蛋白、酯化甘露寡糖等。
化学处理使用石灰水、苏打、过氧化氢处理或补充合成盐类泻药如硫酸镁。
补充营养素补充充足维生素和叶酸，有机硒、蛋氨酸等以缓解中毒效应，或使用有机酸类添加剂、益生菌类产品如乳酸菌、酵母菌等也有助于缓解霉菌毒素的毒性，部分酶制剂也有利于缓解霉菌毒素的危害。
重度污染的玉米处理霉变较为严重的玉米应集中收购、专仓储存、及时送质检机构检测，经检验毒素含量超标的玉米，只能作为工业用粮定向销售，不得用于食粮和饲料加工，霉变严重的必须销毁不得使用。以上是针对霉菌污染玉米的处理措施，建议饲料中最好禁止使用霉变玉米，即使是轻度污染的玉米长期使用也会对畜禽及人类造成很大危害。