辣椒菌核病主要危害幼苗、茎部、叶片和果实等。是冬春保护地栽培中的毁灭性病害。苗期发病在茎基部呈水渍状病斑，以后病斑变浅褐色，环绕茎一周，湿度大时病部易腐烂，无臭味，干燥条件下病部呈灰白色，病苗立枯而死。成株期:主要发生在主茎或侧枝的分杈处，病斑环绕分杈处，表皮呈灰，白色，从发病分衩处向上的叶片青萎，剥开分杈处，内部往往有鼠粪状的小菌核。果实染病，往往从脐部开始呈水渍状湿腐，逐步向果蒂扩展至整果腐烂，湿度大时果表长出白色菌丝团。
解决措施：根据农资淘宝指南介绍可用25%多菌灵可湿性粉剂，每平方米用10克，拌细干土1千克撒在土表进行土壤消毒。也可用新高脂膜配合40%福尔马林，每平方米用药20至30毫升，加水2.5至3千克均匀喷洒地面，充分拌匀后堆置，用潮湿的草帘或薄膜覆盖，闷2至3天，以充分杀菌。然后揭开覆盖物，把土壤摊开，晾15至20天，待药气散发后，再进行播种或定植。药剂防治可选用50％多菌灵可湿性粉剂800至1000倍液配合护树大将军，连用2至3次。