重茬是造成大葱根腐病的关键因素。由于连续多年种植，土壤中病原菌增多，重茬病害在所难免，极易造成大葱根腐死棵。受连续阴雨天气影响，土壤湿度过大，透气性下降，影响根部正常呼吸，植物自身抗性下降。若此时培土，造成大量伤口，病原菌有机可乘，因而加剧了病害的发生。大葱培土后葱根埋得较深，发病后再进行灌根，效果不理想，所以做好前期预防是关键。
大葱培土前，可随水冲施根施通，可产生强大的免疫组化抗体，能为植物营养元素导航而促使匹配输送，抑制病原菌侵染；培土后，若发现病株，要及时扒开垄土，施入根施通+96%的恶霉灵3000倍液+生根剂，三者配合灌根防治。在多雨天，要注意做好大田排水，避免积水沤根，诱发根腐病等。在多年种植大葱的地块，应与其他作物轮作，但是不能与百合科的大蒜、韭菜轮作。