番茄褐色根腐病主要为害茎基部和根部，定植后即可发病。初发病时侧根和细根变褐；大量脱落或腐烂，后主根也变褐，表面产生黑色小粒点或裂缝，表皮木栓化，严重的病根肿胀或变粗，随根部病情扩展，茎基部变成黑褐色或腐烂，致植株地上部生长不良，下部叶片变黄干枯，发病初期病株中午萎蔫，早、晚能复原。当病情发展到一定程度时不再复原，引起全株枯死。
病菌以分生孢子器和菌丝体随病根、病残体在土壤中越冬，病残体混入粪肥，粪肥未充分腐熟时也可能带菌。翌年病菌产生大量分生孢子，经雨水或灌溉水及昆虫传播蔓延，从根部或茎基部伤口侵入，对根部及根茎部进行为害。该菌生育适温22-24℃，发病适宜土温是15-18℃左右。生产上遇有低温不利于根系生长发育，当土温低于20℃，土壤湿度高，且持续时间较长时，易诱发此病。土壤粘重，重茬地及地下害虫严重的地块发病重。
【番茄褐色根腐病防治方法】：
（1）种子处理种子消毒用0.1%硫酸铜浸种5分钟，洗净后催芽播种。
（2）栽培措施与非茄科蔬菜进行3年以上轮作；选择无病地育苗；采取高畦栽培，定植时要少伤根，施用充分腐熟的有机肥；雨后及时排水，严禁大水漫灌。收获后及时病残校落叶。
（3）药剂防治每平方米床面用50%多菌灵可湿性粉剂8—10克，加土4-5千克拌匀，先将1/3药土撒在畦面上，然后播种，再把其余药上覆在种子上。发病前或发病初期用10%双效灵水剂，12.5%增效多菌灵浓可溶剂200倍液灌根。每隔7-10天灌根1次，连续灌2—3次。