苹果在贮藏期间发生的真菌病害主要有炭疽病、轮纹病、青霉病、霉腐病。
①炭疽病：特征是果面呈淡褐色病斑逐渐从果皮向果实内部呈漏斗状腐烂;果肉变褐色,有轻微苦味。病斑表面凹陷,从病斑中心向外生成同心轮纹状排列的黑色小点。采前喷洒500～1000毫克/千克的苯来特、托布津、噻苯咪唑或多菌灵等，防治效果较好。采后用以上药液浸泡果实防病效果也较好。也可用多功能保鲜纸包果。贮藏期要适当降低同期温度。
②青霉病；防止机械损伤，剔除病虫果和机械伤果是防治青霉病的关键。贮藏前用1000～2500毫克/千克噻苯咪唑或500～1000毫克/千克的苯来特、托布津等药液浸泡，对青霉病防腐效果较好。
③霉腐病：早春芽前全树喷1～3波美度石硫合剂，花前花后喷数次杀菌剂，对霉腐病具有防治作用。贮藏库温度保持在0.5～1℃，相对湿度在90%，可防止苹果霉腐病扩展蔓延。
④轮纹病。轮纹病与炭疽病同属真寄生菌引起的病害,果实起初以皮孔为中心发生水浸状褐色斑点,渐次扩大,表面呈暗红褐色,有清晰的同心轮纹。自病斑中心起,表皮下逐渐产生散生的黑色点粒。病果往往迅速软化腐败,流出茶褐色汁液,但果皮不凹陷、果形不变,这是与炭疽病的区别之点。苹果轮纹病的防治,应在加强栽培管理,增强树势,提高树体抗病能力的基础上,采用以铲除枝干上的菌源和生长期喷药保护为重点的综合防治,而化学药剂防治是关键措施,因此采前喷1～2次内吸性杀菌剂,可以降低果实带菌率;采收后用仲丁胺200倍液浸果1分钟后贮藏,也可降低轮纹病的发病率;另外低温贮藏是贮藏期防治的一个重要措施.