玉米病害的流行是由三个因素决定的：第一，大面积种植感病品种；第二，存在大理病菌；第三，具有适宜发病的环境条件。因此，病害的防治应从这三方面着手。
（1）选用抗病品种：这是防治大、小斑病的根本途径。不同的品种对病害的抗性具有明显的差异，目前生长上常用的抗病品种中有中单2号、中单14号
（2）消灭越冬菌源和减少发病初期菌量：轮作倒茬可减少菌量，另外玉米收获后应彻底清除田间病残体，并及时深翻，这是减少初侵染源的重要措施。在病害发生初期,底部4个叶发病以前,打掉下部病叶,可使发病程度减轻一半。适期早播，使整个玉米生育期提前，可缩短后期处于高湿多雨阶段的生育日数，有避病作用。玉米是一种喜肥作物，加强肥水管理，可提高抗病力。另外大斑病是一种兼性寄生菌，植株生育不良易受侵染，即使抗性品种在缺肥缺水时也不能表现出其抗病潜力。
（3）药剂防治：当前尚未找到理想的高效药剂，各地试验较多，反映有一定效果的药剂有：40%克瘟散乳剂500-1000倍液、50%退菌特可湿性粉剂800倍液、50%穗瘟净1000倍液、50%甲基托布津50-800倍液。施药应在发病初期开始，这样才能有效地控制病害的发展，必要时隔7天左右再次喷药防治。