穴盘育苗是采用草炭、蛭石、珍珠岩等轻基质做为育苗基质，将种子播种在分格室的苗盘中。播种时一穴一粒，成苗时一室一株，这种方法称为穴盘育苗。它突出的优点表现在省工、省力、节能、效率高,根坨不易散，移苗不伤根，缓苗快，成活率高；适合远距离运输和机械化移栽；有利于规范化科学管理，提高商品苗质量；可以进行优良品种的推广，减少假冒伪劣种子的泛滥危害。实践证明，穴盘育苗是实现农业生产工厂化、产业化的第一步，也是必由之路。现将番茄穴盘育苗技术要点介绍如下。
1.选择穴盘：一般选用72孔或128孔塑料穴盘，即每盘可育苗72株或128株。
2.基质准备：根据番茄定植需苗量，准备塑料穴盘数量。按每1000盘72孔穴盘用基质4～5立方米配制混合基质。
3.基质配制：基质采用2份草炭，1份蛭石配成，每立方米基质加入氮：磷：钾=1：1：1的三元复合肥2kg，混合均匀后备用。
4.选择品种：夏季栽培可选用仙客5号、6号、8号等品种。
5.播种期：穴盘育苗是为秋大棚生产供苗，播种期在7月5-15日。
6.种子处理：用50～55℃温水浸种20分钟，期间要用木棒不停搅动，以免烫伤种子。换20～30℃水浸种4～5小时，然后催芽、播种；或播前用10％磷酸三钠水溶液浸种20分钟，然后用清水将种子上的药液冲洗干净，换20～30℃水浸种4～5小时，再催芽播种。
7.播种：将催好芽的种子点播到穴盘里，一穴一粒，播种后用蛭石覆盖，厚度为1㎝左右。把播好种子的苗盘码放在苗畦上，盖上薄膜，以保湿促进发芽。待种子顶土后立刻揭开薄膜以免烤苗。
8.水分管理：播种后，将育苗基质喷透水（穴盘排水孔有水珠溢出），使基质持水量达到100％；苗期子叶展开至二叶一心，水分含量为持水量的65～70％；三叶一心至成苗，水分含量保持在60～65％。
9.温度管理：播种后注意遮阴，使苗床温度保持在28-30℃，2-3天即可出苗。出苗后苗床温度保持在白天25℃，夜间15℃。
10.病虫害防治：番茄苗期主要病害是猝倒病、立枯病、早疫病、病毒病。虫害为蚜虫、白粉虱。
（1）防治猝倒病、立枯病：播前进行基质消毒，控制浇水，降低空气湿度。发病初期喷药（洒百菌清、多菌灵、代森锌800倍液等）。
（2）防治早疫病：播前用福尔马林进行种子处理，发病初期喷药（施百菌清、代森锌、波尔多液、利得等800倍液喷施）。
（3）防治病毒病：播前用１０％的磷酸三钠水溶液浸种20分钟，取出冲洗干净。在苗期注意遮阴降温，防止基质含水量过大。
（4）防治蚜虫、白粉虱：用防虫网（40目）围一个小拱棚，并悬挂黄板即可防治。
11．成苗标准。当株高达到15～18厘米，茎粗4.5毫米，叶面积在90～100平方厘米，植株有6～7片真叶时即为成品苗，可定植。