番茄病毒病是番茄生产中危害较重的一种病害。在生产中农民普遍采用的都是药剂防治，如果施药不当既增加了成本，还影响了产品品质。所以在生产中也可以结合一些农业方法对病毒病进行防治。
（1）针对当地主要毒源，因地制宜选用抗病品种。（2）实行无病毒种子生产，播种前用清水浸种3-4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸40-50分钟，捞出后用清水冲净再催芽播种。定植用地要进行两年以上轮作，结合深翻，促使带毒病残体上的烟草花叶病毒钝化。（3）实行2年以上轮用，采用配方施肥技术，喷施云大120或芸薹素，增强寄生抗病力。施用酵素泡制的堆肥或充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术，防止偏施过磷氮肥。（4）加强定植后的栽培防病措施：适期播种、培育垃苗，苗龄适当，定植时要求带花蕾，但又不老化，适时早定植，促进发根、避开田间发病期；早中耕锄草，及时培土，促进发根，晚打杈，早采收，定植缓苗期喷洒增产灵可提高对花叶病毒的低抗力。第一穗果开始坐果时应及时浇水，坐果后浇水要注意加粪稀和化肥，促果壮秧，尤其高温干旱季节要勤浇水，注意改善田间小气候。2、药剂防治发病初期喷洒抗毒丰300倍液或20%病毒A可湿性粉剂500倍液或5%菌毒清水剂400倍液。
3、激素处理。用高锰酸钾1000倍液喷雾，此外叶面喷施50-100PPM增产灵及1%过磷酸钙，均可提高耐病性。
4、早期防蚜。尤其是高温干旱年份要注意及时喷药治蚜，设施栽培采用黄板诱杀蚜虫和白粉虱。
5、采用防病毒新技术：（1）应用弱病毒疫苗N14和卫星病毒S52处理幼苗，提高植株免疫力，兼防烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒。（2）在定植前后各喷1次“NS-83”增抗剂100倍液，能诱导番茄耐病又增产。