棉花生理病害的种类很多，要控制其发生，必须首先查明病因。若是缺素症则根据缺什么补什么的原则，对症处理；若是药害，则通过调节剂种类、严格按照操作规程处理，即可通过改善土壤及肥水条件来控制病害发生。若是红（黄）叶枯病，因病因比较复杂，则主要通过改善土壤及肥水条件来控制病害发生。通过以下措施可以起到有效的预防作用：
1.改良土壤。如扩种绿肥，棉花与苜蓿轮作、深耕和稻棉轮作等，都可改善土壤结构状况，减轻病害发生。
2.平衡施肥。如施足底肥、轻施苗肥、巧施蕾肥、重施花铃肥、补施盖顶肥，氮磷钾合理配合施用。在棉桃期喷施棉花壮蒂灵，可激活植物生态生长正能量，拓宽植物导管路径，提升植物吸水吸肥力度，提高棉桃膨大活力，控制抽条疯长，防棉桃脱落，保蕾、保铃、保桃。
3．加强管理。棉田应精耕细作，及时中耕，及时灌水，严禁大水漫灌，多雨季节要注意及时开沟排水，及时喷施新高脂膜形成一层高分子膜，可保温、保湿、防病驱虫。过滤植物呼吸杂质，防污染，抑制病毒感染。都有助于减轻红（黄）叶枯病的发生。