自5月上旬苹果谢花至6月上中旬苹果套袋，是苹果树病虫害防治的关键时期，此期病虫防治要依其发生情况用药2～4次，其中谢花后和套袋前的2次药剂一般是不可缺少的，其他时间需根据病虫害种类、受害程度、降雨情况和套袋时间确定。用药的种类依据病虫种类和降雨条件确定。
1.谢花后第一次用药
苹果谢花后第一次用药以防治红蜘蛛、霉心病、苹小卷叶蛾和轮纹病为主，同时兼治蚜虫、锈病、白粉病、斑点落叶病等。谢花后第一次喷药以杀螨剂和保护性杀菌剂为主，根据情况适当混加对苹小卷叶蛾、金纹细蛾、蚜虫、霉心病、锈病、腐烂病等病虫害有特效的防治药剂。
谢花后第一次用药的时间主要根据苹果园内主要害虫的种类确定。谢花后7～10天是山楂红叶螨孵化高峰期，以山楂红叶螨为主要害螨的果园，谢花后7～10天用药防治效果最好。以苹果全爪螨为主要害螨的果园，用药时间适当提前3～5天，在成螨产卵前用药效果最佳。
谢花后是苹小卷叶蛾越冬代幼虫和金纹细蛾第一代幼虫的为害期，当两种害虫为害严重时，混加对夜蛾科害虫防治效果较好的激素类杀虫剂。
若花期无降雨，谢花后第一次药要用持效期较长的保护性杀菌剂，保护叶果免受轮纹病、锈病、斑点落叶等病菌的侵染。苹果开花前后，若遇低温多雨，或霉心病严重的果园，混加对霉心病有特效的防治药剂，如多抗霉素(宝丽安)、扑海因等。锈病或白粉病发病严重的果园，需考虑选用防治锈病和白粉病的药剂。
2.谢花后第二次用药
由于侵入果实的轮纹病菌难以铲除，对于枝干轮纹病发病严重的果园需定期喷药，以保护未套袋幼果免受轮纹病菌侵染。谢花后第二次用药主要保护未套袋幼果免受轮纹病菌侵染，同时兼治各种蚜虫、苹果锈病、斑点落叶病、腐烂病、棉铃虫、红蜘蛛、康氏粉蚧等。
谢花后第二次喷药时间应与第一次用药时间间隔10～15天。若第一次用药后，未出现有效降雨，杀菌剂可选用持效期较长的保护性杀菌剂，否则应选用具有内吸治疗效果的杀菌剂。锈病危害严重的果园，在持续时间较长的阴雨天气过后需考虑使用三唑类杀菌剂。
杀虫剂以专化性防治蚜虫的药剂为主，如吡虫啉。棉铃虫为害严重的果园，可混加高效、低毒的昆虫激素类药剂，如灭幼脲。当红蜘蛛超过2头/叶的防治指标时，考虑混加杀螨剂。
3.套袋前用药
套袋前用药主要是铲除果实表面和已侵入果实内部的病菌，清除为害果实的各种害虫，同时保护果实在套袋后不受病菌侵染和害虫为害。重点防治的病虫害包括轮纹病、黑点病和蚜虫，同时兼治金纹细蛾、螨类、褐斑病、斑点落叶病、腐烂病等。
套袋前用药是套袋苹果管理中必不可缺少的，在套袋前的1～3天内喷施。杀菌剂以持效期较长的保护性杀菌剂和杀虫剂为主。这次用药后，若出现有效降雨，需喷施具有内吸治疗效果的杀菌剂。若蚜虫、金纹细蛾等害虫有严重为害的趋势，混加吡虫啉、灭幼脲等高效低毒的专化性杀虫剂。当红蜘蛛超过2头/叶的防治指标时，考虑混加杀螨剂。
4.农业防治措施
及时剪除因腐烂病和干腐烂病枯死的枝条，剪除白粉病梢和因瘤蚜为害而卷叶的虫梢，能明显减少果园内的腐烂病、轮纹病等病原和虫源。剪除离地面50厘米以下的枝条和叶片，特别是主干基部的丛生枝，以防止褐斑病菌从地面向上传播。