通常用小竹刀或小刀沿着子实体的边缘插顺耳根，割下耳片，并挖出耳根。总的恳求是：勤采、细采，成熟一朵，采收一朵，免得造成流耳而受丧失。
及时制干。采收后的鲜木耳含水分多，如不及时制干，易造成糜烂变质。制干的方法有两种：一种是气象晴朗，光照充分，将采收的木耳薄薄摆摊在晒席里，烈日曝晒1—2天，达到制干程度。另一种是采收时下雨，可及时烘干。可利用烤棚或自建简易烤室，将鲜木耳摆在折子上，分层放好，烧炭水加温，温度不超过40℃为宜，若温渡过高，易烤焦烤熟或自溶糜烂。烘烤时烤筛上下移动，使其受热一致，单调均匀。烘烤时勿多翻动，切忌烟熏，免得影响品格。
仔细贮藏。制干的黑木耳，应剔除碎片、杂物等，能够按大、中、小和好、中、差分装，或混装，采取无毒塑料袋装好，扎紧袋口，密封放置在木箱或木桶内，贮藏在单调通风室内。