土壤病害是指病原菌随植株病残体或以病菌孢子、菌丝体等形式潜伏于土壤中，待下一栽培季节遇到寄主后，开始新的侵染循环。它以土壤传播病原菌为主，但种薯也是主要的带菌媒体。
马铃薯土传病害主要包括黑痣病、干腐病、疮痂病、和粉痂病等。土壤病害的防治一方面要减少土壤中的侵染源，另一方面要减少种薯中所携带的病原菌。因此，综合防治是控制土传病害的有效防治途径。
黑痣病
1.选用抗病品种：适当选用早熟品种能够减轻该病害发生。2.生物防治：木霉菌对立枯丝核菌类的病害具有良好的防治效果。3.农业防治：轮作：与燕麦，大豆等非寄主作物轮作，如果病害发生比较严重应最少进行3～5年轮作。无病种薯：选用块茎表面没有菌核的种薯。加快出苗：适期晚播，测定土温；播种厚度不超过5厘米，尽量缩短出苗时间，减小病原菌侵染幼芽的概率。控制土壤温度：出苗前应尽量减少灌溉，合理控制土壤温度。
枯萎病和干腐病
1.生物防治：哈茨木霉T-22菌株，它能够抑制作物的立枯菌核菌、腐霉等一些真菌的生长，用其处理种子，灌溉温室土壤或进行沟施，都能够在作物根系的所有部位定植，且能维持很长时间，在温室及田间具有明显的防效。2.农业防治：加强田间管理，清除田间病株及枯枝落叶减少土壤菌落。3.化学防治：种薯处理：①用2.5%适乐时种衣剂（咯菌腈）切种后包衣，每100千克种薯需100～200毫升的种衣剂，阴干后播种。②或好立克（43%的悬浮剂，有效成分：戊唑醇）沟施，剂量为推荐浓度。
疮痂病
1.轮作：疮痂病的发生与轮作关系密切，因此尽可能与葫芦科、豆科、百合科等非块茎类蔬菜进行轮作，依据国外研究最好4年轮作。2.使用抗病品种：如美国使用高抗马铃薯疮痂病的品种Marcy。3.农业防治：土壤pH5.0以下疮痂病就很少发生，栽培马铃薯应选择偏酸性土壤。在其他条件相同的情况下，少水多次浇灌。4.化学防治：种薯可用0.1%对苯二酚浸种30分钟，或0.2%福尔马林溶液浸种10～15分钟。
粉痂病
1.合理轮作：轮作过程中最好进行压青处理。2.农业防治：控制土壤湿度，增加通风性。3.化学防治：用福帅得进行土壤处理及种薯处理，230毫升/亩。
适宜区域：北方地区马铃薯生产区域。