据调查危害山区水稻田的杂草有10个科，共18种，其中以禾本科稗草为主，约占杂草总数的45%；莎草科的有水莎草、牛毛毡等占25%；阔叶杂草有鸭舌草、四叶萍等占30%。由于水稻直播田特殊的土壤和生态条件，致使杂草的发生出现2个突出的高峰；一是在直播后10-15天，以禾本科杂草为主；二是播后25天前后，以莎草科和阔叶杂草为主。这些杂草对水稻直播田的水稻生长发育危害极大。
在祁门县，对水稻直播田危害最大的杂草是稗草、水莎草、鸭舌草、矮慈菇5种。应积极推广综合除草，重视早期除草。
一、耕作除草严防草籽还田。对稻种进行精选和泥水选种，施用腐熟的有机肥，清除灌溉渠杂草；在收获前，拔除成熟杂草；收割后，将杂草和稻草制成堆肥后还田。对冬闲田，提倡在秋冬季深翻耕。合理安排茬口，有计划实行水旱轮作（稻-油）。实践证明：水田旱作能在3年后将水田杂草基本清除，进行水稻-油菜轮作、杂草发生量可减少20%左右。人工耘田、拔草也是清除杂草的有效措施。
二、化学除草
1、控制杂草第1出草高峰。每亩选用幼禾葆(17.32%苄·哌可湿性粉剂)250-330克在播种前或播种后当天至5天内对水50千克均匀喷雾进行地面封闭处理，在喷雾时要求田面湿润无渍水，在种子扎根出苗前，如遇大雨积水淹没种子，则应立即排水护种保苗，重新施药，确保防效。试验表明，其对稗草、异型莎草、鸭舌草、牛毛毡的防效达到90%。不同时期施药的防效，一般以播后当天＞播前＞播后5天，这是因为幼禾葆对杂草幼芽有特殊杀伤力。
2、控制第2出草高峰：在水稻秧苗三至四叶期根据杂草发生情况，每亩用32%二氯·苄可湿性粉剂40-50克对水25-50千克均匀喷雾，在用药前必须将田块排水，做到田间无明水，但田面湿润，施药后24小时复水，保持1-3厘米薄水层3-5天，之后恢复正常田间水层管理。据用药后田间调查，其对稗草、异型莎草、鸭舌草等1年生杂草防效达95%，不能在秧苗3叶以前用药，以免药害；在4叶以后用药，药效会降低，要加大用药量。