蘑菇病毒病危害不仅影响当年的产量下降，如菇房消毒不彻底，还会影响下一年的收成。蘑菇菌丝感染病毒后，不能形成子实体，严重时会导致菌丝体腐烂，菌床上出现大块无菇区。
菇蕾感染病毒后，子实体发育畸形，有的菌盖上出现褐色斑点，出现菌盖歪斜；有的菌盖上有缺口，菌盖与菌柄生长不均衡，菌盖特小或菌柄特长；或菌柄弯曲，出现菌柄下部削尖；或菌柄中央膨大成柄状或坛状；有的菇体呈水渍状，挤压菌柄都是水。其防治措施如下：
1、栽培时要经常更换品种，每一个品种在同一地区内，连续使用不得超过2年，各种菌株要交替使用（指贴生型和气生型），避免连作而使菌株适应能力下降，染上病毒。
2、每次栽培前后，所有菇棚（舍）、工具都要用5%%甲醛消毒，也可用溴甲代烷熏蒸进行消毒，特别是老菇棚（室）的床架及地面，更应严格消毒。
3、栽培前，除消毒菇棚（室）外，还要在菇棚四角浅埋10~20片万消灵（医院有售），同时培养料点种后，料面用报纸覆盖，每周用0.5%%的甲醛喷湿报纸2次，直到覆土为止。
4、已发现有病毒病的菇棚，蘑菇必须在开伞前采收完，并喷洒2%%甲醛消毒，以防孢子携带病毒扩散。
蘑菇病毒病的防治，主要是保持菇棚的卫生，加强菇棚的消毒工作。