一、轮作
控制草莓连作障碍最为简单有效的方法是实行轮作。轮作最好是与水稻进行水旱轮作，其次是与玉米、小麦、大麦等禾本科植物轮作，也可以与棉花、豆类和蔬菜等作物轮作，还可以与果树等多年生植物间作。最好在同一块田里能隔2～3年才种一季草莓。
草莓与水稻实行水旱轮作，由于土壤环境条件的显著变化，恶化了土壤中病原菌和害虫的生存环境，能有效地压低土传病原菌和土居害虫的数量。同时，通过水旱轮作，土壤干湿交替，促进了土壤中潜在养分的释放，利于团粒结构的形成，使土壤疏松透气，提高保水、保肥能力。
二、土壤处理
危害草莓的病虫害中有很多是土传病害和土居害虫，如黄萎病、枯萎病、灰霉病、炭疽病、青枯病、芽枯病、蛇眼病、根结线虫病、小地老虎、蝼蛄、蛴螬、蛞蝓等。经研究表明，连作2年的草莓，至生长中期病情指数为正茬处理的2.2倍，最终的死苗率为40.9%，减产50.1%。实行有效的轮作可以很好地控制这类病虫害（特别是病害），但在一些草莓的集中产区，由于草莓生产的经济效益相对较高，轮作往往没有被采用。在这种情况下，土壤处理是一个控制土传病害和土居害虫的有效选择。
长期以来，用溴甲烷处理土壤，因其良好的效果而被广泛采用。但溴甲烷因破坏臭氧层和对人畜剧毒而被列入《蒙特利尔议定书》的控制对象。近年来，为了有效地推动溴甲烷的取代进程，对多种土壤处理方法进行了深入的研究，如烧土法、客土法、人工基质、生物熏蒸、蒸汽消毒、太阳能消毒、1，3-二氯丙烯、1，2-二氯丙烷或阿维菌素处理，接种木霉、丛枝菌根菌等。
石灰氮太阳能消毒处理：在盛夏高温季节先在土面上撒施石灰氮（66.7～100千克/亩）和未腐熟的有机物，用旋耕机深翻入土中，整平后做畦，用透明薄膜密封或温室大棚密封（或二者兼具），从薄膜下灌水，直至畦面湿透，持续20～30天后揭膜。石灰氮遇水分解后生成的液体氰胺与气体氰胺对土壤中的真菌、细菌、根结线虫、害虫（蝼蛄、金针虫、蛴螬等）和杂草种子等有显著的杀灭作用，而最终石灰氮可以完全降解为尿素、氢氧化钙等物质，不污染环境。但石灰氮单用时对土传病害和地下害虫尚达不到满意的效果，需要结合用薄膜密封形成高温环境来提高控制效果。
三、改良土壤
草莓采收完毕后进行深耕，加施有机肥或锯末改良土壤，并种植绿肥作物或水稻、玉米、高粱等禾本科植物，在8月份前后割青将秸秆翻入土中，对提高地力，改良土壤理化结构，控制连作障碍有明显效果。另外，即使不种植水稻，在初夏翻耕后蓄水2个月左右，也可达到克服土壤连作障碍的效果。