棚室蔬菜上的气传病害和小型害虫70%以上的初始来源是本棚室。当前，本市棚室蔬菜陆续进入春茬育苗和定植期，抓住有利时机开展棚室表面消毒，有利于在源头上减轻病虫害，既能够延缓病虫害的发生时期，又可以减轻病虫害发生程度，起到事半功倍的效果。
生产棚室需在蔬菜采收或者拉秧并且彻底清除残体后，土地没有翻耕前进行；新茬的育苗和定植棚室，宜在所有育苗或者定植整理准备工作完成后，临近播种和定苗前进行。消毒灭菌处理完成后至育苗或者定植之前需尽量保持棚室密闭。常见棚室表面消毒方法有三种：喷雾施药法、烟雾施药法和臭氧消毒法。
采用药剂喷雾法消毒，优先选用广谱的杀虫剂和杀菌剂，杀菌剂可选250克/升吡唑醚菌酯乳油、60%唑醚·代森联水分散粒剂、250克/升嘧菌酯、10%苯醚甲环唑水分散粒剂、72%霜脲·锰锌可湿性粉剂等，杀虫剂可选兼治螨类的18克/升阿维菌素乳油、25克/升高效氯氟氰菊酯乳油、1.8%阿维·高氯乳油和4.8%甲维·高氯氟乳油等。此时距离蔬菜收获时间较长，为保证消毒效果，可选择1-2种杀菌剂和一种杀虫剂混合使用，施药浓度宜取上限使用。喷雾时应覆盖整个棚室内表面。混合药剂应现配现用，施药人员应做好防护，确保安全。
烟雾施药法需要采用烟剂和熏蒸剂等特定剂型的药剂，或者借助常温烟雾施药机和热烟雾机等专用器械施药，并且施药期间需要密闭棚室，可因地制宜选用。杀虫可选17%敌敌畏烟剂、22%敌敌畏烟剂、3%高效氯氰菊酯烟剂、15%异丙威烟剂、20%异丙威烟剂和12%哒螨·异丙威烟剂，杀菌可用10%腐霉·百菌清烟剂，15%腐霉·百菌清烟剂和12.5%甲霜·百菌清烟剂和电热硫磺蒸发器等；也可选用辣根素复合生物熏蒸剂，其为灭生性药剂，兼具杀虫杀螨和杀菌作用。喷雾施药法中所选药剂大多也适用于常温烟雾施药机和热烟雾机，由于机械施药穿透性和均匀性好，有条件的宜优先采用。
臭氧消毒法需利用自控臭氧常温烟雾施药机，可自动完成消毒工作。单次消毒一般设定2-3小时，启动设备后，密闭棚室，器械可自动运行并定时关闭；为保证杀灭效果，应连续消毒2-3次。每次处理结束后，应迅速把机器移出棚室。臭氧在高温下易分解，在潮湿条件下杀灭病虫效果佳，故应该在气温较低的早晨和傍晚使用；同时为了增加臭氧消毒效果，棚室内应提前增湿，使棚室空气相对湿度达到80%以上。