大蒜根蛆主要以幼虫在叶鞘基部和鳞茎等部位危害。霉烂的蒜梗易吸引成虫，是大蒜根蛆大发生的重要条件。幼虫蛀入大蒜鳞茎取食蒜肉，危害不太严重时表皮完好，仅留钻蛀孔，危害严重时造成蒜头中空、腐烂，地上部叶片枯黄、萎蔫，甚至死亡。
在徐州等地，大蒜根蛆一年发生3代。越冬代成虫于3月下旬盛发，第一代幼虫4月上中旬盛发，5月中旬见蛹，5月下旬为第一代成虫羽化高峰期。第二代幼虫6月上中旬盛发，6月下旬至9月下旬以蛹越夏，第二代成虫于9月底至10月初羽化。第三代幼虫发生高峰期在10月上中旬，11月上旬幼虫陆续化蛹越冬，次年春季（4月上中旬）开始羽化。
土壤的温度、湿度和酸碱度显著影响大蒜根蛆成虫活动和产卵。近年来春季温度偏高，大蒜根蛆越冬蛹羽化产卵提前，使危害时间延长，这也是近年来大蒜根蛆危害逐年加重的原因之一。大蒜根蛆幼虫喜潮湿条件，潮湿时往往上移至土壤表层活动，干旱时则潜入土壤深处取食根系危害。大水漫灌可以提高土壤湿度，抑制成虫产卵和幼虫活动。在条件允许时，可以使用大水浇灌的方法防治大蒜根蛆。增施有机肥会使土壤酸性增强，增加根蛆单雌产卵量，而施用草木灰可以提高土壤酸碱度，减少根蛆发生量，是防治大蒜根蛆的有效方法之一。
大蒜根蛆第一代幼虫危害大蒜最严重，是大蒜根蛆化学防治的主要目标。在大蒜根蛆幼虫发生始盛期，每亩用40%毒死蜱乳油800毫升，或40%辛硫磷乳油1000毫升，或5%杀铃脲悬浮剂400毫升，加水550公斤，沿大蒜行灌根，防治效果较好。