番茄多采用基质槽培，东北寒冷地区采用半地下式槽，以免营养液温度过低、温差太大，其它地区为地上式槽。槽的规格为宽24～36厘米，高15厘米，栽1行。宽72厘米栽2行。一般用砖堆5层，底和四周用塑料薄膜铺好，内装基质厚度14厘米。
也有用袋培的，一般用聚乙烯黑色或黑白双色塑料薄膜筒制成，枕式袋规格为30~35×70厘米，装基质20~30升基质，栽2株。筒式袋为30~35×35厘米，装基质10~15升，栽1株。
栽培基质为草炭1份，蛭石1份。有机生态型无土栽培每立方米基质中混入10～15公斤消毒鸡粪、1公斤磷酸二铵、1.5公斤硫铵、1.5公斤硫酸钾作基肥。
因为无土栽培番茄多为长季节栽培，留8~10穗果，一般行距要加宽，定植株行距为55~75×30~35厘米。