一、棉花烂种的原因有以下几点
1、种子质量：破籽率过高、种子潮湿发霉、种子活力低。
2、种子处理不当：浸闷种时间过长，种衣剂不当，种子残留酸超标。
3、土壤、气候影响：土壤板结、下潮，地温回升慢、播后遇雨板结、土壤盐碱加重。
4、播种质量差：播种过深、播墒过大。
5、病虫害：种子带菌、地下害虫危害。
二、棉花缺苗、死苗原因
1、品种因素：
新疆一些地区大量引入内地品种，在没有经过品种生态适应性鉴定与实验的情况下，进行大面积种植造成播种后死苗、缺苗严重。另外一个就是种子成熟度差、活力低也是造成出苗缓慢、苗势弱、死苗严重的原因。
2、气候因素：
近几年来棉花出苗后部分地区会出现大风天气，沙质较为严重的棉田受不同程度为害。细沙被风吹起将幼苗叶片打伤。风大时地膜夹带棉苗一起被大风卷起造成连片缺苗。
还有就是像2016年那样的倒春寒。棉花出苗后遇到地温冻害，一些品种抵抗冻害的能力较强，一些品种抵抗冻害的能力弱，造成棉苗生长缓慢，严重的会造成连片棉苗死亡。
3、环境因素：
由于土壤墒情大出苗水滴水过多，滴过出苗水后又遇低温阴雨天气，造成土壤湿度过大，导致棉花根系氧气不足，抑制种子呼吸和酶的活性，从而产生有害物质，降低种子活力造成烂种和死苗。还有一个就是土壤盐碱较大，肥力低下的地块烂种和死苗的情况也比较多。
4、病害因素：
苗期病害多发根腐病，造成棉苗根部以下坏死，地上部分萎焉致死。造成棉苗死苗。
三、防治措施
1、选择优质的品种，在播种前做好种子发芽势的实验去除破碎种子，选择颗粒饱满、个体较大的优质种子种植，健籽率达到99%优质种子。
2、在施用苗前除草剂的时候注意用量，以免产生药害影响后期棉苗生长。
3、播前晒种2-3天以提高种子活性、增强种子抗性。
4、选择正规厂家的包衣剂进行包衣，在拌种时可加入芸苔素内酯或者5%氨基寡糖。
5、选择合适的时间播种并保证播种质量。4月上中旬天气多变，倒春寒频繁防止过早播种。当膜内5cm地温稳定通过14℃时播种为宜。播种不可太深，膜下加膜上播深1.5-2.5厘米为宜
6、加强田间管理：对于长势较弱、土壤板结的棉田及时中耕，增加土壤透气性促壮苗早发。
7、防治病虫害：以农业防治为主药剂防治为辅。主要以甲基托布津、多菌灵的杀菌性药物防治，在发病前期施药防治效果好。
8、针对根腐病、枯黄萎病比较多发的棉田，可以在后期温度比较高的时候滴入枯草芽孢杆菌。