播种前用30℃的温水浇透床土，待水渗下后播种：也可提前3-5天浇透床土，覆盖塑料膜烤床土，待床土稳定在15℃以上时进行播种。在播种时，先撒2/3药土，然后按种距1厘米×1厘米左右进行播种，播后再撒1/3的药土覆盖，随即可盖塑料膜保温保湿，也可通过地热线控制温度。在保持床土温度15-20℃的条件下，一般3-5天即可出苗。出苗后，即可揭去塑料膜，供给充足光照，白天保持气温在25℃左右。当播后20天左右，长到2-3叶时为花芽分化期。为促进早开花和降低开花节位，应提供低温（15-18℃）和短日照条件，而且在这个时期不要移苗。
幼苗期与成苗期管理的主要差别是营养面积不同，幼苗期营养面积每株为5厘米×6厘米，成苗期营养面积为8厘米×10厘米。在移苗至缓苗期，都必须保温保湿促缓苗，缓苗后则要控温降湿促生根。经过逐渐降温锻炼，番茄的秧苗可变成紫绿色，而且有弹性。如发现叶面呈黄绿色，出现脱肥现象，可在晴天喷0.2%尿素或喷磷酸二氢钾。在定植前，必须达到壮苗标准。