1、种子发芽率或发芽势不好，这是根本原因。
2、播种后遭遇低温，导致玉米种子粉种坏死。
3、播种后施用肥料不当造成烧种。
4、使用不合乎标准的种衣剂拌种或用量过大。
5、耕地中含有毒素或盐碱含量过高。
6、玉米种子播种深，播后大水漫灌，导致闷种现象，播种子深度3-5公分为宜，太深导致不出苗，或小老苗。
7、播种后严重干旱，造成嫩芽失水萎蔫（通常所说的芽干）。
8、整地不均匀，土块较大或秸秆残差较多、聚焦，透风漏气。
9、土壤中地下害虫较多等。
10、由于玉米播种或播种后遇到持续低温天气，种子活性低，发芽缓慢，留土时间长，易造成种子烂种而缺苗断垄；另外玉米播种在10-15度低温下若遇雨造成土壤水份较大，使种子在短时间内低温吸水而发生吸胀冷害，导致种子不能正常发芽成苗。正常种子发生吸胀冷害后，即使给予适宜条件也不能发芽。
为了减少缺苗现象的发生，从种子选择、精细整地、选用肥料、提高播种质量等多方面进行预防，以确保全苗，实现玉米高的目的。