黄瓜属浅根系，入土浅，主要根群分布在土壤15~25厘米表层内。根系的再生能力弱，吸收能力差，对氧气要求严格。表层土壤空气充足，有利于根系有氧呼吸，促进根系生长发育和对氮、磷、钾等营养元素的吸收。因此，黄瓜定植时宜浅勿深。正如农谚“黄瓜露坨，茄子没脖”，且定植后勤中耕松土，促进根系生长是有科学依据的。
黄瓜根系木质化程度高，发生木质化时间早，伤根后难以再生。因此，黄瓜定植时，要保护好根，保护幼苗土完整，可提高成活率，缩短缓苗期，为早熟高产奠定基础。
黄瓜的茎基部有生不定根的能力，尤其是幼苗，生不定根的能力强。不定根有助于吸收肥水。因此，栽培上常有“点水诱根”的说法。在栽培的过程中，茎基部经常形成一些根原基，采取有效措施，创造适宜诱根环境，促进根原基发育成不定根，有助于植株生长发育。