由于南方水稻黑条矮缩病是由白背飞虱传播的水稻病毒病，因此在选用耐病品种、组合的基础上，防治关键是治虫防病，也就是采取杀灭传毒害虫、切断毒源，治秧田保大田、治前期保后期和治虫防病的防治策略，特别是重点抓好水稻秧田期白背飞虱的防治本田前期，严防南方水稻黑条矮缩病为害。防治南方水稻黑条矮缩病的主要措施是：
1.加强水肥管理。喷施叶面肥，增施磷、钾肥和农家肥，增强水稻植株抗病抗虫能力。
2.清除田间周边杂草，减少虫源。
3.强化秧田和大田初期对传毒虫媒白背飞虱的防治工作：在秧苗2叶一针期防治1次，防治用药可选用蚍蚜酮、吡虫啉、噻嗪酮等对口农药；秧苗移植前3～5天喷施送嫁药；移栽到大田后7－10天后选用蚍蚜酮、噻嗪酮、醚菊酯、吡虫啉加病毒A等对口农药防治白背飞虱1次，10天后再用药1次，以有效杀灭传毒虫害；田间杂草上稻飞虱也应注意防治。
4.及时拔除病株。田间发现感病植株，要及时拔除带离田间烧毁或踩入泥中，减少田间毒源，并从健株上掰蘖补苗。
5、在发病初期及时用抗病毒制剂宁南霉素、病毒A等加入叶面肥和防治稻飞虱的药剂混合喷施，如喷施病毒A800倍液植物细胞分裂素600倍液等。