新建设施蔬菜产区多为粮改菜，土壤有机质含量不足，大量元素氮磷钾含量较低。对于新建设施蔬菜地，提高土壤有机质含量是土壤培肥工作的重点，应采取增施优质有机肥、彻底腐熟的农家肥、秸秆还田等措施。
设施蔬菜老产区一定要以有机肥为主，最好能够使用优质的有机菌肥。老产区由于常年化学肥料施用较多，可能会造成土壤的酸化或碱化而土壤弱酸性是植物根系最喜欢的环境。因此在肥料的使用上就要根据土壤的酸碱度来选择，酸性土壤选用偏碱性的肥料，碱性土壤要使用偏酸性的肥料。
