越冬棚室栽培的番茄面临着低温考验。番茄是喜温作物，它在寒冷的环境里耐受程度是有限的。当冬春季或深冬季节栽培番茄或育苗时，在遭遇低温或霜冻时会受到低温寒害，深冬季节棚室温度长时间在5℃～10℃时叶片就会呈现暗绿色或水浸状，气温持续徘徊在5℃时叶片就会叶缘失绿。在突然遭遇霜冻大温差变化时（温度2℃以下），花青素增加使叶片显示紫红色并萎蔫枯死。长时间生存在5℃以下的低温环境里，植株会因冷害叶片失绿，呈白化状，植株因冷害而死亡。
冻害的补救：除选择耐寒抗低温、弱光品种外，对棚室番茄管理从保温入手，提高棚室保温措施是救治冻害的主要措施。加厚土墙厚度，加大草毡密度，温室内扣拱棚等措施进行提温抗寒。突遇霜寒，应采取临时加温措施，烧煤炉或铺地热线。药剂防治可选用抗寒剂，用护树大将军可在其表面迅速形成一层荧光保护膜,具有窒息性杀菌、防止病毒复制和感染，防治腐烂、溃疡等多种皮层病症以及防霜冻、防冻害等功效。