无籽西瓜在田间植株生长势旺，在全生育期对肥水的需求量大于普通二倍体西瓜。应保证肥水供给。无籽西瓜在中后期生长旺盛、易徒长，并且坐瓜困难，在坐瓜前应控制肥水、加强整枝压蔓，以控制营养生长。坐瓜后特别是膨瓜期要保证充足的肥水供应。
一般可每亩追施15~20千克复合肥，浇2~3次透水，以促进果实迅速膨大，充分发挥无籽西瓜的丰产优势。也可结合浇水追施尿素8千克和硫酸钾10千克，尽量不施或少施磷肥，以免增加果实中白色秕子的数量。无籽西瓜的基肥一般应较普通二倍体西瓜多，土壤肥力中等条件下，每亩推荐采用沟施或穴施有机肥4~5吨、饼肥60~80千克、过磷酸钙40~50千克、尿素30千克、硫酸钾25千克，作为无籽西瓜的基肥。