1.青枯病：防治效果较好的办法是使用药剂灌根，如施用DT加新植霉素或农用链霉素加生根剂。在使用药剂灌根时，对没发病的西红柿可使用上述药剂进行保护性喷雾，对已经发病死亡的西红柿植株，应带到棚外深埋，同时对土壤进行消毒。并且，适当喷施一些植物生长调理剂或叶面肥，可有效促进西红柿植株恢复生长。
2.枯萎病：与具有辛辣味的蔬菜进行轮作3～4年，如大葱、大蒜等。选用无病种子或播种前用52℃温水浸种30分钟消毒，或用0.4%的50%多菌灵拌种。同时，加强棚事管理，结果后增加通风量，降低温度。发病初期施用50%多菌灵1000倍液灌根，每株灌200毫升，每隔7～10天灌1次，连灌2～3次。
3.根结线虫：病加强田间管理，在西红柿生长期间，合理的肥水措施可增强抗病能力。当根结线虫发生后，应彻底处理病残体，集中烧毁或深埋。处于生长中期的蔬菜可选用阿维菌素加药肥或有机肥等防治。药剂防治，在播种或定植时，穴施对症药肥、有机肥等，可控制根结线虫危害。另外，还可在大棚休闲季节，使用石灰氮高温闷棚或选用溴甲烷等严格消毒。