君子兰常见的病虫害有炭疽病、细菌性软腐病、介壳虫等。
⒈炭疽病：多发生在多雨潮湿季节，要注意通风和光照，增施磷钾肥，控制氮肥的施用量。发病初期可用70%甲基托布津可湿性粉剂1000~1500倍或80%炭疽福美500~800倍液等，每7~10天喷洒1次，连续3~5次。
⒉细菌性软腐病：高温高湿，土壤水分多，有利病菌繁殖和传播。受介壳虫等为害造成伤口，有利病菌侵入。施用未腐熟肥料，常会加重病害。防治方法：一是栽植前用1％福尔马林液进行土壤消毒；二是发病初期及时剪除病叶，用5000倍青霉素或链霉素液喷洒叶片。
⒊介壳虫：我国南北各地为害君子兰的介壳虫主要有吹绵蚧、红圆蚧和褐软蚧。这三种介壳虫均喜群聚于叶背等处为害，吸取汁液，影响君子兰正常生长和开花，严重时导致叶片枯黄。可用肥皂水擦洗，在虫爬出蜡壳时，可喷加水1000~1500倍的敌敌畏。