培养料发酵质量的好坏，直接影响双孢菇的生产。在双孢菇培养料发酵中，不少菇农由于轻视对培养料的发酵，从而造成产量与质量的下降。栽培双孢菇时，培养料发酵要掌握以下几点：
发酵时间较佳的发酵时间在8月上旬，因为此时发酵培养料，可利用秋季温度从高到低的有利条件，争取较长的出菇期，取得较好的效益。度从高到低的有利条件，争取较长的出菇期，取得较好的效益。
培养料的选择所有培养料都要求新鲜，不得有霉变。
发酵首先，培养料预湿要充分，避免出现培养料吸水不足的现象。其次，建堆要科学，应采取南北走向，料堆宽度1.8～2米，高度1.5～1.8米，下层用砖块修建通风道。按照建堆要求，一层料一层粪堆叠，同时注意培养料的含水量保持在65%左右。第三，注意翻堆要合理，如采取一次性发酵，要翻堆4次，从建堆开始计算天数，第一次翻堆在第七天，然后是第六天、第五天、第四天，发酵结束立即拆堆进房；如采取二次发酵，要翻堆3次，分别在第五天、第四天、第三天。在翻堆时应使粪草、内外层料均匀一致，防止出现夹生料，同时注意培养料的含水量始终保持在65%左右。第四，培养料要防止雨淋，下雨时用薄膜覆盖，雨停揭去，防止闷料。
正确掌握培养料腐熟度栽培双孢菇的培养料以半腐熟为宜。半腐熟的培养料具有以下四个特征：一是粪草的色泽由金黄色或黄绿色变成褐色，但不呈黑色，且无粪臭、酸臭或腐败的味道。二是草茎柔软，手拉时有一股抗拉力，富有弹性，而不是轻拉即断，更非腐熟得看不出是草茎。手握培养料，能被握成团，松手后能自然松散。三是在最后一次翻堆后的第五天，培养料的温度仍保持在50℃以上，但不得超过60℃。四是培养料堆的体积比原来缩小40%，重量减轻30%，含水量在60%左右，手捏时指缝间没有水滴出现。