生石灰在有机蔬菜种植中作用非常大，在菜田施定量的生石灰既可以防治蔬菜常见的病害，也可以有效防治虫害。
土壤消毒：夏季高温季节，每亩保护地施生石灰100公斤、碎稻草500-1000公斤，深翻入土，做垄后灌足水、铺地膜，密闭棚膜15-20天，使土温上升到45℃灭菌和杀灭线虫。
穴施灭菌：在浇水前或降雨前拔除田间病株，在病穴内撒施生石灰250克灭菌，可以防治番茄青枯病和溃疡病，茄子青枯病，韭菜白绢病，甜瓜疫病，西葫芦、马铃薯、芹菜、胡萝卜等细菌性软腐病，以及白菜类蔬菜根肿病和软腐病。
防治害虫：翻耕土地后每亩撒施生石灰25-40公斤，并晒土5-7天，可以灭除危害蔬菜的跳甲。晴天在蔬菜株行间线状撒施生石灰，每亩施5-7.5公斤，可以防治蛞蝓。
调节土壤酸碱度：每亩施生石灰100-150公斤，耕翻入土，调节土壤酸碱度，可以防治瓜类蔬菜白绢病、茄果类蔬菜青枯病、十字花科蔬菜根肿病及番茄病毒病、胡萝卜细菌性软腐病、甜瓜枯萎病、豌豆立枯病等病害。
配制药液：生石灰与硫磺粉配制石硫合剂，生石灰与硫酸铜配制波尔多液。