一、脐腐病：脐腐病是番茄缺钙引起的生理性病害。症状初期为水渍状暗褐色斑点,随果实长大病斑逐渐扩大发展成下陷褐色或黑色坏死区域。潮湿时,斑上生有黑色霉状物。缺钙有多种原因：1、土壤中钙不足；2、虽然土壤中钙多，但土壤盐类浓度高时也会发生缺钙的生理障碍；3、氮肥和钾肥施用量过大，导致缺钙；4、土壤干旱时易出现缺钙现象；5、空气湿度低，连续高温时容易发生。措施：1、施足充分腐熟的有机肥和一定量的过磷酸钙或氯化钙作基肥,防止土壤缺钙。2、深翻土壤,采用地膜覆盖栽培,避免土壤水分和钙质的流失。3、适量施用氮肥和钾肥。4、结果期做到水分均衡供应，切忌忽干忽湿，注意提高土壤温度。5、座果期，叶面喷施1%的过磷酸钙浸出液，或1%的氯化钙溶液，每隔10天左右喷1次，连喷3-4次。
二、筋腐病：又叫条斑病或条腐病，是大棚番茄经常发生并危害比较严重的一种生理病害。其症状有两种类型：一是褐色筋腐，果面局部褐变，甚至出现坏死斑，凹凸不平，果肉僵硬，发病处着色不良，有明显绿色或淡绿色斑。二是白型筋腐果，多发生在果实皮部组织上，病部具有蜡样光泽，质硬，果肉似“糠心状”，病部着色不良。筋腐果多因低温、高温、弱光或高夜温、缺钾、氮肥过足或病毒感染等因素而发生。防治措施：一是选用不易发病的品种。二是合理密植，适当疏除过密叶，定植时花序定向栽植，使果穗处于操作行一方。三是适量施氮肥、钾肥，防止一次追施氮肥过多，并严防一次浇水量过大造成土壤过湿。四是注意防治蚜虫和病毒病。
三、空洞果：其症状是外观果实有棱，横断面成多角形、可见明显的空腔。发生原因：一是受精不良，果实内部发育不完全，形成空腔。二是氮肥用量过多。三是二氧化碳不足，或光照弱，光合产物不足。四是激素蘸花时浓度过大，或蘸花时花蕾幼小，发育不够健全，部分形成空洞果。防治方法：一要适当低温炼苗，培育花芽分化良好的壮苗。二要适当稀植，张挂反光幕，改善室内光照条件。三要合理调整温度，严防温度过高，造成有机营养消耗过多。四要合理施肥、浇水。增施有机肥，适量施氮，严防氮肥过剩、前期水分过多和结果盛期水分不足。
四、缺钾症：缺钾时番茄中下部叶缘变成黄褐色，严重时下部叶枯死，影响幼果发育，降低果实品质，还可引发筋腐果等生理病害。缺钾近几年发生比较普遍，其原因是有机肥用量偏少，不注意增施钾肥；菜田浇水量大，钾素淋失严重，加之番茄需钾量大，从而极易表现缺钾。为防止缺钾，应增施有机肥和钾肥，结果期追施钾肥，并结合喷药，根外喷施0.5%的磷酸二氢钾。
五、缺镁症：番茄下部叶片开始发生，在果实膨大盛期靠近果实的叶先发生，开始叶脉间黄化，后期变成枯斑。缺镁叶片失绿，叶绿素含量低，光合作用微弱，严重影响有机营养的积累，可造成大幅度减产。主要原因有机肥料施用不足，土壤镁素含量低或氮、钾肥施用过多，阻碍了对镁素的吸收，加之番茄收获量大，对镁需求较多，所以易表现缺镁。为防止缺镁症发生，应增施有机肥和钙镁磷肥，适当控制氮肥和钾肥用量，结果盛期可根外喷施天达2116六百倍液，每7天1次，连喷3-5次。