1、控制棚内作物病害的发生，首先要做好大棚的降湿工作；其次要定期做好喷药预防工作，一般做到7-10天喷药1次；同时要及时做好棚内病株病叶的清理工作，减少相互传染；及时打掉作物底部的老叶，增加棚内的通风透光量，还要做好棚内土壤与空气的消毒工作。
常用的方法有：药剂、蒸气、夏季高温等3种消毒方法。一般农户可采用夏季高温杀菌方法。具体方法是，在夏季高温季节，对大棚内土壤灌水，使土壤水分处饱和状态，然后覆盖薄膜，再封闭大棚，棚内气温保持60℃以上、土温保持40℃以上，连续10-15天，可消灭棚内一般病菌及害虫，但对土壤内的枯萎病菌无效，需用药剂防治，或选用嫁接苗种植。
2、虫害防治。
控制棚内作物虫害的发生，最有效的方法是设置防虫网。操作人员进出大棚，要养成随手关门的习惯；棚内作物如发生了虫害，要及时用药防治，但必须选用低毒、低残留的农药；对于进入棚内的害虫及一些地下害虫，最好采取毒饵与物理方法进行诱杀。