疏除不能过早。番茄侧枝过小时，其所制造的营养大于消耗的营养，所以这时不应该将其疏除，尤其是当植株的叶片没有完全覆盖地面时。为充分利用侧枝制造的营养，以侧枝长5厘米左右时疏除为宜。而对于番茄每穗花下部的第一侧枝则应适当早疏除，应在长3厘米左右时就疏除。如果番茄每穗花下部的第一侧枝不及时疏除，由于其长势很快就会超过主枝，从而使大量的营养浪费。
疏除不能过晚。如果番茄侧枝摘除过晚，侧枝长5厘米以上时，就会与主枝剧烈地争夺养分，并且长势也会逐渐超过主枝。
疏除后要喷药保护。如果疏除后不保护，病菌会从伤口侵染。所以疏除后及时喷施新高脂膜等，形成一层高分子膜，隔离病虫害防病菌从伤口侵染。