土壤含水量与消毒效果密切相关，含水量过高，不利于提高地温；含水量过低，杀菌效果不佳，一般土壤含水量达到田间最大持水量的60%时效果最好，可喷施新高脂膜保持水分。
清理棚室后浇一遍大水，将棚膜重新扣上，利用晴好天气密闭10天至15天，使棚内形成超高温高湿环境，一般密封暴晒15天至20天，5厘米至10厘米深土壤温度可达40℃至60℃，最高土温能达到50℃至70℃，从而杀灭绝大部分的病菌与害虫。如果每100平方米铺施150公斤至200公斤稻草秸或麦秆、50公斤至75公斤猪牛粪与棚室土壤混合后效果会更好，因为这些秸秆在发酵过程中会释放出大量热量，地温会更高，不仅起到灭菌杀虫作用，而且能提高土壤肥力。大多数病菌一般不耐高温，经过10多天的热处理可被杀死，如花卉立枯病菌、疫病和菌核病可用护树将军喷施杀菌防病等。但有些病菌如根腐病、根肿病和枯萎病菌等深根性土传病害，因其分布土层深，必须处理30天至50天才能收到较好的效果。