食用菌菌种的衰退是一种常见的现象，采用合适的贮藏方法、尽量减少菌种的传代次数，是防止菌种衰退的有效措施之一。菌种贮藏原理是使其新陈代谢作用降低，贮藏的方法很多，现主要介绍两种，供菇农参考。
一是斜面低温贮藏法这是一种最简单的贮藏法，即将生长旺盛无污染的斜面试管放入冰箱内，在4-6℃的低温下贮藏，以后每隔2-3个月移接于新鲜的斜面培养基上，培养后再继续贮藏（以补充菌丝的养分和水分，防止菌丝老化）。
二是液体石蜡贮藏法此法是在要贮藏的斜面试管内，在无菌室内注射灭过菌的液体石蜡，注入蜡以高出斜面1厘米为宜。其目的是使菌种与空气隔绝，降低其新陈代谢活动。然后塞以木塞或橡胶塞，用蜡封口后，直立放入室内干燥处，一直可保存一年以上。使用时只要用接种针从斜面上少量挑取菌丝，移植在新鲜的斜面培养基上，由于菌丝沾有石蜡，必须再转接一次试管才能很好生长。