在番茄生产中，当果实开始膨大后，有时会出现椭圆形果及扁圆形、双体形果、横裂果、指形果和尖形果等，这些都称为畸形果，发生的主要原因主要是由于开花期营养过剩及氮磷肥过多，或冬季花芽分化前后遇到连续几天6—8度的低温，使花中碳水化合物积累过量，造成心皮数形成过多，或用激素蘸花或喷花时浓度过大、光照不足、温度偏低或过高、空气干燥及植株营养不良等造成的。在生产上应通过加强管理，防止畸形果的发生。
一、选用优良品种。选用耐低温、抗旱涝、抗逆性强的良种，一般不易出现畸形果，是防止畸形果的经济有效措施。
二、加强育苗期的温、光调控。特别是在花芽分化期，尤其是第一花序分化期，即发芽后2—3片真叶时，要防止温度过低，要避免出现10天以上6—8度的低温，一般夜温控制在12—16℃，白天温度25—28℃，以利花芽分化。
三、加强水肥管理。施肥要做到氮、磷、钾、微量元素配合使用，最好采用配方施肥，切忌偏施氮肥。同时要根据植株长势、长相、天气等情况和番茄的需水量进行合理浇水，切忌土壤忽干忽湿合理调控植株生长避免偏施、过施氮肥，适量增施磷、钾肥，使花芽分化及花器得到正常生长发育所需营养物质，防止分化出多心皮及形成带状扁形花而发育成畸形果，苗期要适当控制肥水，防止秧苗徒长；遇到连阴天时，不要追施氮肥；适时喷施一些叶面肥。
四、用激素蘸花或喷花时，要严格按产品说明掌握浓度、用药量，不能重复处理，同时还要注意光照和温度条件。
五、调节好温湿度。植株出现徒长时，切勿采用急剧降温、干旱“控苗”，或滥用植物生长剂等措施进行控制，应通过适度通风降温和适当控制湿度等办法来调节。
六、发现畸形果时要及时摘除，以利正常花、果的发育，以提高其商品质量。